Otra característica del Convenio se estipula en su artículo 12 sobre la responsabilidad e indemnización por daños resultantes de los movimientos transfronterizos y la eliminación de los desechos peligrosos y otros desechos. Las consultas sobre la elaboración de un Protocolo comenzaron en 1993, principalmente en respuesta a las preocupaciones de los países en desarrollo por su falta de fondos y tecnología para hacer frente a derrames accidentales o vertidos ilegales de desechos peligrosos.
El Protocolo de Basilea sobre responsabilidad e indemnización por daños resultantes de los movimientos transfronterizos de los desechos peligrosos y su eliminación fue adoptado en la quinta reunión de la Conferencia de las Partes en 1999. Hasta el 1 de marzo de 2015, cuenta con 10 ratificaciones, sin embargo, aún requiere de otras diez expresiones de consentimiento para obligarse antes de que entre en vigor.